สมเด็จพระจักรพรรดิฟรีดริชที่ 2 แห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ทรงมีส่วนบทบาทเกี่ยวข้องเป็นอันมากใน โดยการทรงส่งกองทัพจากเยอรมนีแต่พระองค์มิได้ทรงเข้าร่วมในการยุทธการโดยตรงแม้ว่าจะทรงได้รับการหว่านล้อมจากสมเด็จพระสันตะปาปาโฮโนริอุสที่ 3 และต่อมาสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 9 ก็ตาม เพราะทรงต้องจัดการปัญหาภายในในเยอรมนี และ อิตาลีให้เรียบร้อยเสียก่อนที่จะเข้าร่วมในสงครามครูเสด และทรงให้คำสัญญาว่าจะเข้าร่วมในสงครามหลังจากพระราชพิธีบรมราชาภิเษกเป็นจักรพรรดิโดยพระสันตะปาปาโฮโนริอุสที่ 3 ในปี ค.ศ. 1220 เสียก่อน

ในปี ค.ศ. 1225 พระจักรพรรดิฟรีดริชก็ทรงเสกสมรสกับโยลันเดอแห่งเยรูซาเลม (หรืออิสซาเบลลา) พระธิดาของจอห์นแห่งบริแอนน์ (John of Brienne) กษัตริย์แต่เพียงในนามของราชอาณาจักรเยรูซาเลม และ มาเรียแห่งมอนต์เฟอร์รัต จักรพรรดิฟรีดริชจึงทรงมีสิทธิในการอ้างสิทธิในราชบัลลังก์เยรูซาเลมที่ยังเหลืออยู่ซึ่งเป็นเหตุผลในการพยายามกู้เยรูซาเลมคืน ในปี ค.ศ. 1227 หลังจากเกรกอรีที่ 9ได้เป็นพระสันตะปาปา จักรพรรดิฟรีดริชและกองทัพของพระองค์ก็เดินทางโดยเรือจากบรินดิซิไปยังอัคโคแต่โรคระบาดที่เกิดขึ้นทำให้พระองค์จำต้องเดินทางกลับอิตาลี พระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 9 จึงทรงประกาศคว่ำบาตรเพราะจักรพรรดิฟรีดริชทรงบิดพริ้วสัญญาในการเข้าร่วมสงครามครูเสด ซึ่งก็เป็นเพียงข้ออ้างเพราะจักรพรรดิฟรีดริชทรงพยายามรวบรวมอำนาจของพระองค์ในอิตาลีโดยการลิดรอนอำนาจของพระสันตะปาปามาเป็นเวลาหลายปีก่อนหน้านั้นแล้ว

พระสันตะปาปาเกรกอรีทรงกล่าวว่าเหตุผลในการทำการคว่ำบาตรเป็นเพราะจักรพรรดิฟรีดริชไม่ทรงเต็มพระทัยในการเข้าร่วมสงครามครูเสดมาตั้งแต่สงครามครูเสดครั้งที่ 5แล้ว พระสันตะปาปาเกรกอรีการคว่ำบาตรเป็นเพียงข้ออ้างเพราะความกลัวในความทะเยอทะยานของจักรพรรดิฟรีดริชในการขยายอำนาจของพระองค์ในคาบสมุทรอิตาลี จักรพรรดิฟรีดริชทรงพยายามเจรจาต่อรองกับพระสันตะปาปาเกรกอรีแต่ในที่สุดก็ทรงหันหลังให้ และทรงนำทัพไปยังซีเรีย ในปี ค.ศ. 1228 แม้ว่าจะยังทรงถูกคว่ำบาตรก็ตามและเสด็จถึงอัคโคในเดือนกันยายน